先进的绘制化学结构、提问结构和化学反应式的化学编辑器
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产品介绍

MarvinSketch可以快速的通过用户界面的基本功能和高级功能,如分子骨架延展,自定义快捷键,缩写基团,默认模板与用户自定义模板,上下文关联的弹出菜单等,绘制分子结构。MarvinSketch和文中提到的MolConverter都是ChemAxon为用户免费提供的工具。


化学结构的绘制

原子与键的属性

MarvinSketch可支持原子和键的各种属性。用户可为每个原子设置立体化学、电荷、化合价、自由基和同位素等属性。单键、双键、三键和芳香键等各种键型都可支持。用户还可用楔形键表达以原子为中心的立体化学。数据字段也可通过S基团与原子关联,从而各种用户自定义的信息都可以与化学结构直接保存在一起。

反应式的绘制

用户可在MarvinSketch中在任何位置、任何方向放置方向键指示反应产物来绘制单步化学反应。箭头前面的化合物将被识别为反应物,箭头之上的化合物将被识别为试剂,箭头之后的化合物将被识别为产物。反应物与产物的原子可以自动或手动的方式映射起来。


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提问结构的绘制

原子列表,键列表,被排除原子列表,广义原子,R基团,孤电子对特征都可通过MarvinSketch定义到提问结构中。连接节点,重复单元,伪原子,同源基团,关联数据的S基团等也都可在MarvinSketch 中进行定义。SMARTS规则让用户可以定义任何特定的或者广义的提问结构。

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ChemAxon强大的计算功能放置在画板上

调整、结合并显示

Calculator Plugins为药物化学和计算化学研发人员所面临的很多问题提供了解决方案。ChemAxon的计算套件是一个基于化学结构计算化学属性的化学信息学工具包,为描述化学结构的特征提供一个多功能的强大工具。通过Chemical Terms结合Calculater Plugin的计算结果并参数化,用户可以即时看到化学结构相关的各种属性和参数,即使是在化学结构的绘制过程中。

预测与枚举工具

ChemAxon的软件提供快速而准确的基本理化属性的预测功能,例如LogP, LogD, pKa等。另外ChemAxon整合的NMR预测工具包在分子结构的验证和表达方面可以起到十分重要的作用。根据用户输入的化学结构和设置的限制条件可以自动枚举生成多个立体异构体和互变异构体。由于很大比例的类药分子具有弱酸或弱碱性,处于低能量离子化或者互变异构体的各种状态,快速而准确的枚举具有这些特征的化学结构或者最类似的化学结构是十分有用的。


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分子描述符

MarvinSketch可计算如下的分子描述符:拓扑参数,化学结构秘钥参数,物理属性,拓扑极性表面积或者分子表面积等广泛的应用于生物活性数据和ADME属性预测的描述符。描述符还可用于化学结构的分类、聚集、筛选和预测模型的建立。

分子模拟

ChemAxon为与分子模拟软件(如3D配体优化和构象生成软件)的互动提供了流畅的界面。直观而快速的3D结构调整和分子动态控制对于计算化学与药物化学的研发人员都十分有价值。Marvin的用户可以计算局部电荷分布和派生物,这些参数对分子结构的很多理化性质有很大影响,如反应性和药效团特性等。


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化学智能特性阅览

支持最广泛的化学结构文件格式

除了各种常用的化学文件格式,MarvinSketch还能打开蛋白质、核酸序列文件,Gaussian 输入/输出文件,化合物名称文件,JChem表格文件等。ChemDraw和Symyx Draw文件(skc, cdx) MarvinSketch也能识别。用户还可以导入Markush DARC文件并将所有相关信息保存为Marvin默认格式(mrv)来进行共享或者后续编辑。MarvinSketch可以导入或者导出单个或多个分子结构。图片格式的化学结构可以通过免费的OSRA软件在MarvinSketch中转换为可编辑的化学结构。

3D 操作

在MarvinSketch画板上可以绘制3D化学结构并将结构进行标准化。用户可以轻松的调整3D构象以及特定轴的旋转角度。用户还可将选中的结构片段与另一个结构片段通过指定的原子位点进行连接,MarvinSketch可以直接合并两个结构片段为一个整体,从而可以让用户更精确的绘制大分子或者蛋白质结构。


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化学结构和化合价检查工具

ChemAxon Structure Checker技术可用来对从文件批量导入的化学结构进行检查,查找化学结构中的错误并自动进行修正。Structure Checker也可以在MarvinSketch中检查并自动修正用户在画板上绘制的化学结构。它自动运行一系列的化学结构修正规则(用户可对规则进行调整),对所发现的错误进行警告或者修正。在半手动的模式下,会有一个单独的窗口提示用户一系列可能的修正方案,用户可选择相应的修正方案或者选择自动修正。


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缩写基团的使用

MarvinSketch 提供一系列标准的预定义缩写基团,用户可以直接输入基团名称的首字母即可将对应的缩写基团放到画板上光标所指的位置。用户可以自己定义缩写基团并进行命名和保存,从而可以更快更便捷的绘制自己常用类别的化学结构。

Markush结构的绘制与展示

用户可以在MrarvinSketch中轻松绘制Markush结构或者导入Thomson Reuters Markush DARC文件,并支持Markush结构枚举显示。ChemAxon的新的结构显示格式与IUPAC的格式要求一致。

内置化学结构模板库与自定义模板的使用

MarvinSketch在模板库中提供了大量预定义化学结构模板,划分为氨基酸,环烷烃,多环结构等许多不同的类别。为了方便使用,用户可将常用模板工具条放到MarvinSketch界面上,从而可以轻松的将这些模板拖放到画板上。用户可以通过各种途径定义自己的模板,甚至可以将某个化学结构直接从画板上拖放到模板工具条上。


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通过MarvinSketch查询Chemicalize和Reaxys数据库

用户可以通过MarvinSketch 直接访问并用画板上的化学结构查询几个网络数据库,子结构查询、相似性结构查询或者超结构查询都可得到支持。


生成和发布报告

化学结构图片的生成、显示和格式调整

MarvinSketch提供各种不同的分子结构显示和格式调整选项,以生成高质量的化学结构图片,用于生成报告或者文献发布。MarvinSketch可导出JPEG, MS BMP, PNG, PPM等格式的位图,以及SVG, PDF, EMF等格式的矢量图。用户可以通过选择不同的报告风格工具和模板快速将分子结构转换为特定期刊所要求的风格。

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在Microsoft Office中操作化学结构

通过MarvinSketch化学结构可以存为图片文件并插入MS Office文件。在MS Office文件中直接插入Marvin对象(OLE)可以支持在文档中直接操作化学结构。更多信息可访问JChem for Office产品网页。


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易用性

简洁的、可定制的界面,只显示你想看的菜单和按钮

用户可以轻松的自行定义MarvinSketch的用户界面,使之符合自己的需求或者风格,甚至可以将界面调整为与其他化学绘图工具类似的界面,例如ChemDraw或者ISISDraw,包括类似的快捷键使用方式。例如,用户可以重新调整菜单的内容和顺序,甚至增加新的菜单。用户所做的任何修改都会成为下一次重启MarvinSketch时的默认设置。通过设置键的长度和对象的尺寸,分子结构可以自动进行缩放。而且内容丰富且不断增长的化学结构模板库将在每天绘制化学结构的过程中为用户提供便捷。

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通过MolConverter进行批量计算和文件格式转换

MolConverter是Marvin Bean和JChem Suite中包含的一个命令行程序,可以在不同化学结构文件类型间进行格式转换。用户可以指定不同的文档、分子结构文件或者压缩/编码格式的文件进行批量操作。处理化学结构文件时,用户可以通过参数控制如何处理化学结构的某些特性。可以使用这种方式将化学结构批量转为CAS编号。


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