ChemAxon公司旗下用于实验数据整合及管理的桌面工具
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产品介绍

Instant JChem:化合物库库管理工具

Instant JChem 是ChemAxon公司旗下用于实验数据整合及管理的桌面工具。Instant JChem 软件不仅能以化学结构为中心,将化学、生物等研发数据进行关联与整合,而且还支持不同类型的化学结构检索,包括相似性结构检索、子结构检索、全结构检索等。通过Instant JChem用户可以连接本地数据库或者远程数据库,对大批量的化学结构进行导入和导出。还可以自定义数据库视图,方便数据的浏览和分析。

基于桌面轻松的管理数据库

本地与远程数据库的轻松管理

用户可以在Instant JChem中轻松的建立本地数据库或远程数据库并进行管理。通过本地数据库引擎或者远程企业版数据库(Oracle或者MySQL),上百万的化学结构可以轻松导入数据库并进行管理。

Instant JChem允许用户同时打开并管理多个数据库。除了简单的化学结构,用户还可以在数据库中存放相关的数据、化学反应,甚至是Markush结构。支持数据的相互关联,因此Instant JChem是管理和报告化学和生测数据的十分便捷的工具。


灵活的数据库导入/导出功能

化学结构和相关数据可以通过导入/导出向导导入数据库或者从数据库导出。导入数据时可以选择字段并与数据库字段进行映射。除了标准化学结构文件格式(SDF, RDF, SMILES, SMARTS, CDX, SKC, InChI等,Instant JChem还支持Markush MARC文件格式。


Instant JChem 作为数据浏览工具

在没有Instant JChem软件许可的情况下,Instant JChem也可显示Instant JChem项目中的数据,并提供结构检索和数据显示界面设计功能,但仅限于处理已经存放在Instant JChem本地数据库中的数据。这对于用户与同事共享、传递数据十分方便。

ChemAxon的新一代软件 Plexus Suite提供更多灵活的数据共享功能,让用户可以通过浏览器直接访问化学数据库中的数据内容。Plexus Suite通过十分安全的方式提供Instant JChem数据库中所有数据的访问途径,包括表格数据视图,基于化学结构的预测数据和计算数据,记录集管理和检索功能等各种功能。


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桌面上快速而强大的化学结构检索

化学结构检索

用户可以通过提问化学结构结合其他的检索条件在Instant JChem中查询化学结构。相似性结构检索,子结构检索,全结构检索,超结构检索,结构查重等都可在Instant JChem中进行。并且用户可基于之前的检索结果进行二次筛选。结构检索还可以与ChemAxon Chemical Terms计算数据的检索相结合。用户还可以通过结构检索操作符来比较两个数据库中的所有数据内容来进行数据重叠分析。联合检索让用户可以同时在多个数据表上进行结构检索。


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检索条件和结构的管理

Instant JChem 提供丰富的记录集和检索条件管理功能,允许用户保存记录检索条件和结构以便将来重复使用。检索结果可以通过逻辑运算符(AND, OR, NOT等)进行组合。


标准化

Standardizer是可以将不同来源的化学结构转化为标准展现形式的化学结构标准化工具,可以用于建立化学结构企业内部规则。Standardizer可以自动识别内消旋体,互变异构体,立体异构体和反离子移除。芳香化或结构清理也可以自动应用。通过Instant JChem中的Standardizer向导,用户可以标准化的模式来存放化学结构,这对保证精准的化学结构检索结果十分关键。

支持药物化学的桌面工具

具有合成意义的虚拟化合物库的产生

Instant JChem可调用ChemAxon Reactor化合物合成引擎来生成虚拟化合物库。反应式可从ChemAxon的智能反应库中选取,也可由用户输入。反应物从Instant JChem数据库表格中提取,而产物将写入一个新的数据表。反应物可以系列或组合的模式显示。产物以及整个反应式都可以进行显示。

通过Instant JChem可以调用ChemAxon的经验智能规则,预测可反应性和选择性。而且用户可以对这些经验智能规则进行调整。

可反应性规则是描述天然反应条件的逻辑运算符,这些条件必须得到满足,否则这个反应就不能发生。选择性规则是数值型化学表达式,可以根据生成几率对产物进行排序。通过应用和调整这些规则,用户便可生成具有合成意义的化合物库。


化合物名称转换技术(Naming)

竞争性分析是药物发现过程中的一个关键环节。研发人员可以将一系列专利文献中的IUPAC化合物名称直接导入JChem for Excel并自动转换为化学结构。IUPAC化合物名称也可以从已有的化合物批量生成并用于专利申请。


理化性质与分子描述符的计算

Instant JChem的一个突出特点是与基于化学结构的计算功能(Calculator Plugins)的深度整合。用户可以在Instant JChem的表格中添加物理化学属性,分子描述符和拓扑分析结果作为新的列。跟药物设计相关的一些参数的计算功能,例如Lipinski 类药性,Chemical Terms (一种与Calculator Plugins结合并拓展的语言)等也能够无 缝调用,让用户可以轻松建立含有丰富化学参数的表格。另一个深度整合的优势是新增或修改化学结构后相关的计算结果会自动进行更新。

数据可视化

个性化表格(Table)视图

表格视图为列表式数据的可视化提供了一个便捷方式。当用户导入数据时,会自动生成一个表格视图,方便用户在浏览数据的同时可以对数据进行编辑。这个视图与数据库中的数据表同步,所以用户对数据所做的任何修改都将自动更新到数据库中。


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个性化面板(Form)视图

用户可以通过面板视图建立更复杂的关联不同类别的数据的显示和报告界面。面板视图的设计工具可以轻松设计并排版各种数据显示界面。用户可以在面板上添加数据显示控件,并将控件与特定数据字段相关联。每个控件都可以调整其大小和位置,用户可以精心调整以满足自己的设计方案。当控件中的数据记录被选中时,相关的下一级数据可以在另外的控件中进行显示。面板视图也可以进行复制和共享。同时,通过按钮控件用户可以用Groovy脚本自定义数据处理和显示功能。


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图形化显示数据

Instant JChem提供丰富的数据视图功能来产生柱状图、散点图、雷达图等各种图表。另外这些工具可以在数据视图设计工具中使用,利用化学结构和相关数据的可视化分析,交互式的图形化显示各个数据点。在视图控件中选中的数据点可以同步显示在面板上其他的控件中,可以快速识别与数据点相关的化学结构。


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视图工具与格式的丰富选项

面板分页工具让用户可以设计复杂的面板来显示各种不同类别的数据,例如与某个化合物相关的化学属性和生测数据,如果在同一个面板上显示将不甚明了。

多字段表单工具可以产生一个双字段的表格,第一列显示字段名称,第二列显示字段对应的值。这提供了一个更紧凑的显示数据的方式,并可将相对杂乱的字段分组成多个数据集。树表工具可基于用户选择的数据分类标准对数据类容进行多级分组。

化学结构还可以通过网格工具用更紧凑的矩阵形式进行显示,每个网格中显示一个化学结构。相关的数据字段也可以添加到网格中进行显示,例如用户可以为每个化合物添加相应的化合物ID号。

通过改进的条件格式功能,用户可以通过设置阈值来调整表格的单元格或者面板上控件的背景颜色和数据显示格式。

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