Plexus Suite是一个基于web,可以轻松访问、检索、显示和分析研发数据的软件包。
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产品介绍

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简单易用的基于WEB的药物研发解决方案


Plexus Suite是一个基于web,可以轻松访问、检索、显示和分析研发数据的软件包。一系列ChemAxon的工具被整合到了这个解决方案中,而且会有更多的工具被整合进来,将我们强大的化学智能与浏览器环境的技术优势结合起来。

Plexus Suite致力于为化合物注册、虚拟化合物库设计、化学/文本数据挖掘、数据分析和数据库管理提供广泛的解决方案。这是个多功能的系统,适用于生物技术初创企业到大型制药公司的各种工作流程。

Plexus Suite包含了多种工具,最主要的数据检索和浏览工具是Plexus Connect,其他工具则为Plexus Connect增加不同的化学智能功能。目前Plexus Suite包含Plexus Connect和Plexus Design两个组件。

Plexus Suite组件

◆ Connect

Plexus Suite中研发人员用于访问、检索和浏览科研数据的用户界面。它提供了多用户并发通过Web访问Instant JChem(IJC)数据库的途径。IJC中的网格视图和面板视图都可以在Web浏览器中打开,各种IJC的工具也可以在Web界面中使用。在Connect中用户可以查询化学结构和各种数据,并对查询结果进行浏览、排序、保存,创建检索条件并进行保存等。

◆ Design

Plexus Suite中的虚拟化合物库设计解决方案。通过简单的几步便可基于分子骨架或者反应枚举生成具有合成意义的虚拟化合物库。Plexus Design提供一系列的通过理化性质来区分化合物特征的功能,帮助用户了解所生成的化合物库。

Plexus Connect

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▲ 随时随地访问生命科学研发数据

Plexus Connect作为Plexus Suite中的一部分,为研发数据的访问,强力检索,浏览和记录集管理提供了支持平台和一个简单而直观的用户界面。它整合了ChemAxon的业界领先的化学智能,为从Plexus Suite所整合的不同数据库中收集和合并信息提供了中心用户界面。

▲ Plexus Connect是什么?

Plexus Connect是Plexus Suite中的核心应用程序,一个模块化的、可配置的、基于网络服务的工具,通过瘦客户端共享服务在企业内部和外部合作企业进行实施。Plexus Connect提供了访问化学结构和相关数据并进行检索和显示的主要途径。网页界面为化学家们提供了简单易用的友好工作环境,只需要最少的学习时间来适应。

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▲ 同一个搜索引擎               

Plexus Suite使用与Instant JChem(强大的、成熟的管理和处理研发数据的桌面应用程序)同样的后台引擎。整个解决方案采用了三层框架结构:底层是数据库层,中间层是Instant JChem服务器,上层是Web应用程序,包括Web中心服务器和数据库展示层。在实施过程中管理员可以使用Instant JChem类似的丰富功能来为Plexus用户配置和定制化学数据库并设计数据检索和浏览界面。

▲ 优化用户界面

Plexus Connect可以连接通过Instant JChem设计、创建并管理的化学数据库,对数据进行检索、浏览和其他各种操作。各种面板视图可以推送到Web浏览器,用户可以继续使用经过不断调整、优化后的符合他们工作流程的个性化视图。通过视图和记录行来控制数据访问的安全机制可以满足各种选择性数据访问的潜在应用需求,使Plexus Connect成为一个协同工作的完美环境,以及不断完善信息化能力的良好基础平台。

▲ 简洁的检索界面和记录集管理

Plexus Connect为检索数据库的各种内容提供了一个简洁的界面。除了简单的数值和文本检索,用户还可使用Marvin JS快速绘制提问化学结构来进行结构检索,并使用各种先进的视图功能来浏览检索结果,更快的识别有潜力的命中结果。检索条件和检索结果都可以轻松的保存下来以便下次使用或者数据共享。

▲ 连接工具

Plexus Connect是Plexus Suite中连接各种工具的中心应用程序,例如连接Plexus Desgin进行虚拟化合物库的枚举,连接Plexus Analysis进行化学和生测数据的可视化和分析。目前ChemAxon Compound Registration和化学信息挖掘解决方案也正在整合进来。Plexus Connect所具有的灵活性将十分有益于在Plexus Suite中整合ChemAxon或者第三方的其他技术和解决方案。

▲ 高性能、安全、稳定

Plexus Connect采用稳定的用户验证和授权协议。系统管理员可以建立统一的安全机制(如LDAP),实施到所有的数据库连接中。客户端与数据库的分离,数据完全在用户控制下,选择性的只读用户界面,进一步提高了安全性。

Plexus Design

Plexus Design 在一个简单的、最佳化的用户界面上整合了ChemAxon领先的化合物库枚举、属性预测/计算功能和Markush技术,来支持强力快速的虚拟化合物库枚举。它是Plexus Suite中提供虚拟化合物库设计解决方案的有机组成部分,来推动更智能、更好、更有效的药物研发流程。


虚拟化合物库的独特生成方式


(1)基于分子骨架的枚举

Plexus Design使用ChemAxon基于分子骨架的枚举功能,并利用ChemAxon的Markush技术来生成“自我调节”的最有价值的化合物库来供用户探索。用户可以通过新型的基于Web页面的Marvin JS化学绘图工具来直观、简便的定义分子骨架和R基团。Markush结构组装好了以后便可以在界面上清晰、直观的显示枚举过程和结果。


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(2)基于化学反应式的枚举

Plexus Design同时提供基于化学反应的枚举功能,利用ChemAxon成熟的Reactor技术来枚举具有合成意义的化合物库。基础步骤是首先定义一个虚拟的化学转化过程,然后基于此过程将反应物进行虚拟反应。用户可以定义自己的化学转化过程,或者从预定义的、经过ChemAxon专家验证的反应库中选择一个化学转化过程来进行枚举。基于反应的枚举在一个简单的、最佳化的界面上进行,可以强力快速的枚举生成虚拟化合物库。


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(3)理化性质

化合物设计通常从虚拟化合物库中每个单体化合物的理化性质的分析开始。Plexus Design的一个关键功能就是与ChemAxon基于化学结构的属性计算(logP, pKa, TPSA, 元素分析,溶解度等)功能的整合。快速、即时的计算结果用“显示这个化合物所有信息”的模式显示出来,以支持决策过程。


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