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产品介绍

GENEVESTIGATOR®是基因表达的高性能搜索引擎。它集成了上万由专家人工统一精选、注释与归一化的公共基因芯片和二代测序的实验结果,将基因在不同的生物环境中,如疾病、药物、组织部位、肿瘤、细胞系或基因型等之中的表达进行了可视化,以探索不同生物环境下不同基因的表达情况以及基因与生物环境的潜在深层联系。


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通过GENEVESTIGATOR®可以进行什么研究?

  • 研究不同药物和疾病环境下的基因功能与机制

  • 优化已有药物靶点和疾病分子标志物Biomarkers

  • 发掘新药物靶点和疾病分子标志物Biomarkers

  • 基于数以千计的实验数据更好的阐释自身实验结果

  • 预测药物副作用,搜寻导致药物靶基因高表达的生物环境

  • 发掘化合物适用病症,实现药物重定位

  • 构建基因调节网络,搜寻不同生物环境下的共表达基因

  • 关联基因与生物环境,包括疾病、药物、组织部位、肿瘤、细胞系和基因型等

  • 比对大量相似实验,提升自身实验设计


大规模数据,多样化工具,简单的操作,直观的展示

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大规模数据,涵盖各个领域,专业化注释分层

公共基因表达谱数据中蕴藏着未被挖掘的宝贵信息,例如基因表达数据库(GEO)和Array Express中收集了大量的基因表达研究数据。通常情况下,实验数据被实验人员自行提交, 这个过程缺乏质量控制和统一管理,可能会产生描述模糊或丢失、样本冗余或错误、数据质量不佳等问题。

GENEVESTIGATOR®从众多公共基因组数据库中收集了超过320,000例来自不同领域、物种、实验的样本数据集。专家团队重新归纳和架构实验结果,通过阅读实验所对应的原文,补充材料,访问网站甚至和作者联系获取数据库中每个样本最真实的描述,收录质量合格的数据,对其进行全局归一化,用标准化的语言对实验和样本重新进行描述,解决了大规模公共实验数据无法横向对比的难题。

动物研究和植物研究方向的数据统计

GENEVESTIGATOR®中动物模块中收集了超过250,000例来自不同动物模型的样本数据,植物模块中收集了超过25,000例来自不同的植物与农作物模型的样本数据,以及超过2,000例来自酵母和大肠杆菌的样本数据。在植物学领域,相关引用次数超过3000篇。(截止2020.7.15)


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研究领域统计

GENEVESTIGATOR®的研究领域覆盖18个领域,拥有超过500种疾病、数千种药物/化合物治疗研究及毒性研究的数据集。

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多样化工具,各角度出发,阐释基因与环境联系

单实验分析工具——针对特定单一实验

  • 多元可视化特定实验中样本表达量

  • 按实验设计或自定义差异表达分析

  • 数据降维提取特征

 

生物环境检索工具——探索影响基因表达的生物环境

  • 特定基因组在不同组织部位、细胞系与肿瘤环境下的表达情况

  • 特定基因组在不同扰动条件下,如疾病、药物、激素,的特异性上下调情况

  • 特定基因组在生物不同发育阶段的表达情况

 

基因检索工具——探索特定生物环境下特异性表达的基因

  • 特定组织部位、细胞系与肿瘤环境下特异性表达的基因组

  • 特定扰动条件下,如疾病、药物、激素,的特异性上下调的基因组

  • 特定生物发育阶段特异性表达的基因组

  • 可做实验内参稳定表达的看家基因组

  • 特定基因在不同物种中的同源基因

 

相似性检索工具——探索基因与生物环境的深层联系

  • 分组聚类具有相似表达图谱的基因或生物环境

  • 构建跨越不同生物环境,如组织部位、细胞系与肿瘤环境的基因共表达网络

  • 发掘与药物靶点或疾病分子标志物Biomarkers具有相似性或相反性表达的扰动条件

  • 发掘在特定生物环境下具有相似表达图谱的基因亚集

  • 特定基因组的生物功能富集与注释

  • 可视化不同生物环境下特定的基因对的表达关系

简单的操作,直观的展示,图形化工具

GENEVESTIGATOR®操作简单,执行分析只需点击图片代表的按钮,采用盒形图、散点图、折线图、热图与火山图的形式直观的展示基因表达情况,支持各类算法图形的生成,包括聚类树、基因共表达网络与生物通路Venn图。


直观对比不同组织、细胞系、肿瘤条件下的基因表达情况


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多样化图形展示方式

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